青训是崛起之本，是俱乐部的社会责任，更是实现自我造血、 打造本土化一流强队、实现俱乐部长远可持续发展的必然要求。目前，深足已搭建一流的青训教练和球探团队，联合国内外优秀青训机构和中小学校组建U12-U17五级校园梯队，同时在全国范围内甄选优秀苗子，在惠州、重庆等地组建精英青训梯队，多名队员入选国青、国少队。
深足已遴选享誉全球的欧洲一流俱乐部建立青训合作意向，计划每年派教练员、球员到日韩及欧洲进行青训拉练。
深足成立首支青训梯队
2016年，深圳市足球俱乐部收购东莞麻涌的U17梯队，正式成立佳兆业入主以来首支青训梯队。
与罗湖区达成青训战略合作
2018年1月，深圳市足球俱乐部与罗湖区教育局、文化广电旅游体育局达成青训战略合作，三方从人才选拔、梯队建设、人才输出等方面深度合作。深足俱乐部在罗湖区各中小学校园布局网点，获得优先选材和培养权，罗湖区优秀足球苗子将直接进入深足俱乐部各级梯队，走上职业发展通道。
翠园中学设立首个青训基地
2018年1月，翠园中学成为深足与罗湖进行青训战略合作后设立的首个青训基地，深足俱乐部U13、U14、U15、U17等梯队在翠园中学进行驻点训练和学习，深足相关梯队教练组常年驻点翠园中学，带队训练。
深圳中学成为青训战略合作伙伴
2019年7月，深足继续拓展青训战略业务，与深圳顶尖教育资源学校深圳中学达成了青训战略合作，并开始共建梯队的合作。
新增坪山实验学校青训网点
2019年7月，深足再次扩展青训业务，与坪山实验学校合作，设为青训合作网点，开拓了深圳东部最大学校的青少年人才培养渠道。经过短短几个月的选拔训练，坪山实验学校在2019年深圳市青少年锦标赛U9年龄段获得冠军，此项赛事也是全深圳最高水平的青少年赛事。
深足惠州青训基地启用，佳兆业U16精英队入驻
深圳市足球俱乐部惠州青训基地在2020年12月正式揭牌启用，立志打造深足“崇明岛模式”，培养更多优秀年轻队员。与此同时，深圳佳兆业05/06年龄段梯队升级为佳兆业精英队，由前国脚陈涛担任主教练。全队教练、队员入驻惠州青训基地。
沈祥福出任青训总监，深足重庆精英青训基地启用
2021年，深足俱乐部聘任国内名帅沈祥福成为青训总监。3月，深足与重庆市辅仁中学校达成战略合作，联手打造精英青训基地。双方合作共建U10-U13年龄段精英队，后期将扩充共建其他年龄段队伍，面向全国培养精英球员。
惠州、重庆精英青训基地落成后，深足青训体系在全国铺开，精英队阵容得到快速扩充，更多来自全国的优秀足球后备人才将纳入到深足精英队。
